What role for genomics in fisheries management and aquaculture?

Quel rôle pour la génomique dans la gestion des pêches et de l'aquaculture ?

¹ Department of Genetics and Marine Biotechnology, Institute of Oceanology, Polish Academy of Sciences, Powstañców Warszawy 55, 81-712 Sopot, Poland
² IFREMER Laboratoire de Génétique et Pathologie, 17390 La Tremblade, France
³ Danish Institute for Fisheries Research, Department of Inland Fisheries, Vejlsøvej 39, 8600 Silkeborg, Denmark
⁴ Department of Molecular Biology and Biochemistry, Simon Fraser University, 8888 University Dr., Burnaby, BC, V5A 1S6, Canada
⁵ Molecular Ecology Research Group, Galway-Mayo Institute of Technology, Galway, Ireland
⁶ MTT Agrifood Research Finland, Biotechnology and Food Research, Biometrical Genetics, 31600 Jokioinen, Finland

Corresponding author: RWenne@iopan.gda.pl

Received: 16 May 2007
Accepted: 28 August 2007

Abstract

The development and application of genomics has been facilitated in a number of fields by the availability of new methodologies and tools, such as high throughput DNA sequencing and complementary DNA (cDNA) microarrays. Genomic tools are already used in research on commercially important fish and shellfish species. Thousands of expressed sequence tags (EST) are now available for some of these species, and the sequencing of complete genomes of tilapia, cod, salmonids, flatfishes, sea bass and Pacific oyster has been proposed. Microarray technology through simultaneous analysis of the expression of thousands of genes allows the identification of candidate genes involved in the function of multiple physiological, morphological and behavioural traits of interests in organisms and populations from different environments. This paper reviews the current development of genomic technologies, and pinpoints their potential beneficial applications as well as implications for fisheries management and aquaculture.

Résumé

Le développement et l'application de la génomique ont été facilités dans un certain nombre de domaines par la disponibilité de nouveaux outils et de nouvelles méthodes, tels que le séquençage d'ADN à haut débit et les puces à ADN (« microarrays »). Les outils de la génomique sont déjà développés sur les espèces de poissons et d'invertébrés d'importance commerciale. Des milliers d'étiquettes, marqueurs de séquence exprimée (EST) sont désormais disponibles pour quelques unes de ces espèces et le séquençage du génome complet de tilapia, de la morue, de salmonidés, de poissons plats, du bar, et de l'huître creuse sont demandés. La technologie des puces à ADN, au travers d'analyse simultanée de l'expression de milliers de gènes, permet l'identification de gènes candidats impliqués dans les multiples fonctions physiologiques, morphologiques et comportementales chez les organismes et les populations d'environnements variés. Cet article présente la synthèse de récents développements de ces technologies du génome, et met en évidence leurs applications potentielles ainsi que les implications dans la gestion des pêches et de l'aquaculture.