Polymorphism of major histocompatibility complex class II B genes in different lines of the common carp (Cyprinus carpio)

Polymorphisme des gènes de classe II B du complexe majeur d’histocompatibilité de différentes lignées de la carpe commune (Cyprinus carpio)

¹ Institute of Ichthyobiology and Aquaculture in Golysz, Polish Academy of Sciences, ul. Kalinowa 2, 43520, Chybie, Poland
² Cell Biology and Immunology Group, Wageningen Institute of Animal Sciences, Wageningen University, P.O. Box 338, 6700 AH, Wageningen, The Netherlands

Corresponding author: krzystof.rakus@wur.nl

Received: 3 December 2002
Accepted: 8 April 2003

Abstract

Regular observation of survival of the carp breeding lines constituting a living gene bank at the Institute of Ichthyobiology and Aquaculture in Golysz (Poland) over a period of at least 15 years showed different survival rates for various lines. In this study, we have examined the polymorphism of the major histocompatibility complex (MHC) gene class II B in nine carp lines. The class II B gene encodes for the part of the MHC class II molecule which presents peptides from pathogens and protein antigens that are present in the extracellular milieu and have been taken up into the endocytic vesicles of antigen-presenting cells. Polymerase chain reaction was used to amplify Cyca-DAB gene fragments comprising part of exon 1, complete intron 1 and almost complete exon 2. Exon 2 encodes for the β₁ domain which is the most polymorphic fragment of MHC class II molecules. Single-strand conformational polymorphism (SSCP) was applied to detect different MHC class II B haplotypes. The analysis revealed the presence of seven different haplotypes occurring with various frequencies.

Résumé

L’observation régulière, à l’Institut d’Ichtyobiologie et d’Aquaculture à Golysz (Pologne), de la survie des lignées de la carpe, constituant une banque de gènes, sur une période d’au moins 15 ans, a montré différents taux de survie selon les lignées. Dans cetté étude, nous examinons le polymorphisme du gène du complexe majeur d’histocompatibilité (MHC) de classe II B chez 9 lignées de carpes. Ce gène de classe II B code pour la partie de la molécule MHC de classe II, qui présente des peptides de pathogènes et les protéines antigéniques qui sont présentes dans le milieu extracellulaire et qui ont été endocytées par des cellules présentatrices des antigènes. Des réactions d’amplification de chaînes polymèrisées ont été utilisées pour amplifier des fragments de gènes Cyca-DAB comprenant une partie de l’exon 1, l’intron 1 complet et presque l’exon 2 complet. L’exon 2 code pour la zone β₁ qui est le fragment le plus polymorphe des molécules MHC de classe II. Le polymorphisme de conformation de séquence d’ADN simple brin (SSCP) a été utilisé pour détecter les différents haplotypes MHC de classe II B . L’analyse révèle la présence de 7 haplotypes différents observés avec diverses fréquences.