Polymerase chain reaction and DNA sequence of rainbow trout tumour suppressor gene p53 exons 5, 6 and 7 to 9

Réaction de polymération en chaîne et séquence d'ADN du gène suppresseur de tumeur p53, exons 5, 6 et 7 à 9, chez la truite arc-en-ciel

University of Victoria, Department of Biology, Centre for Environmental Health, Victoria B.C. V8W 2Y2, Canada

Received: 6 May 1993
Accepted: 1 September 1993

Abstract

A protocol for the extraction of genomic DNA from teleost fish was developed and produced high molecular weight DNA from English sole, white sucker and rainbow trout. A protocol for polymerase chain reaction (PCR) of tumour suppressor gene p53 from rainbow trout genomic DNA was developed. Several primers were chosen inside exon 5 and 9 and exon 6 and 7. A successful PCR method yielded the conserved exon 5 to 9 region of genomic rainbow trout p53 in two fragments: fragment 1 comprising exons 5 and 6 and fragment 2 spanning the region of exons 7 to 9. The apparent molecular weight of fragments 1 and 2 were 510 and 760 base pairs respectively. The sequences of both fragments including the introns were determined and gave 515 and 793 bp for the two PCR fragments. These sequences will facilitate examination of tumour suppressor gene p53 conserved exons from genomic DNA e.g. for study of p53 mutations in fish.

Résumé

Un protocole pour l'extraction de l'ADN du génome de poissons téléostéens a été développé et produit de l'ADN de haut poids moléculaire de la plie (Pleuronectes vetulus), du meunier (Castostomus commersoni), et de la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Un protocole pour la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) sur le gène suppresseur de tumeur p53 a été développé chez la truite arc-en-ciel. Plusieurs primers ont été choisis à l'intérieur des exons 5 et 9 et des exons 6 et 7. Une technique de PCR a permis de mettre en évidence 2 fragments conservés dans la région 5 à 9 : le fragment 1 comprenant les exons 5 et 6 et le fragment 2 comprenant la région des exons 7 à 9. Le poids moléculaire apparent des fragments 1 et 2 étaient respectivement de 510 et 750 paires de bases.