Phylogenetic evaluation of subfamily classification of the Cyprinidae focusing on Vietnamese species

Evaluation phylogénétique de la classification en sous-familles des Cyprinidae, en considérant les espèces du Vietnam en particulier

¹ School of Science and Primary Industries, Charles Darwin University, Casuarina, Darwin, Northern Territory 0909, Australia
² Research Institute for Aquaculture No 1, Dinh Bang, Tu Son, Bac Ninh, Vietnam
³ Research Institute for Aquaculture No 3, 33 Dang Tat, Nha Trang, Khanh Hoa, Vietnam

Corresponding author: chris.austin@cdu.edu.au

Received: 18 January 2007
Accepted: 24 May 2007

Abstract

The Cyprinidae is the largest freshwater fish family in Vietnam, with over 220 recognised species, many of which play an important role in aquaculture or are harvested from the wild. Despite numerous studies on the taxonomy of this family based on traditional morphological data, the relationships between major cyprinid groups is poorly understood and the taxonomic validity of a number of these groups is under debate. While an increasing number of molecular studies on cyprinid relationships have been conducted many have used restricted sampling and none have incorporated Vietnamese species. In this study, mitochondrial 16S rRNA, D-loop and cytochrome b gene sequences from 25 species of cyprinids collected from Vietnam were obtained and combined with sequences of cyprinids available in GenBank, in order to investigate the taxonomic validity of subfamilies within Cyprinidae and their phylogenetic relationships. The molecular data supported traditional division of the Cyprinidae into two major lineages: Cyprinines and Leuciscines. The placement of the Danioninae as the sister lineage to this grouping was not supported. Many of the subfamily boundaries were questioned and doubt was raised on some of the generic level classifications. The validity of species designation in Cyprinus, Tor and Cyclocheilichthys was also questioned. This study will need to be extended with greater taxon and gene sampling to further consolidate our understanding of cyprinid relationships and classification.

Résumé

La plus grande famille de poissons d'eau douce, au Vietnam, est celle des Cyprinidae, avec plus de 220 espèces identifiées ; la plupart de ces espèces joue un rôle important en aquaculture ou bien sont pêchées. Bien que de nombreuses études sur la taxonomie de cette famille soient basées sur des données morphologiques traditionnelles, les relations entre les grands groupes de Cyprinidae sont peu connues, et la validité taxonomique de ces groupes reste à discuter. Pourtant, un nombre croissant d'études moléculaires sur les relations entre les groupes de Cyprinidae ont été conduites, mais souvent sur des échantillonnages réduits, et aucune n'a tenu compte des espèces du Vietnam. Dans cette étude, les gènes mitochondriaux codant pour l'ARNr 16S, D-loop (la région de contrôle) et le cytochrome b de 25 espèces de Cyprinidae collectés au Vietnam ont été obtenus et combinés avec ceux des Cyprinidae disponibles dans « GenBank », en vue d'analyser la validité taxonomique des sous-familles de Cyprinidae et leurs relations phylogénétiques. Les données moléculaires s'appuient sur la division traditionnelle des Cyprinidae en deux grandes lignées : Cyprininae et Leuciscinae. La place des Danioninae en tant que lignée soeur n'est pas soutenue. Les frontières entre de nombreuses sous-familles sont floues, et soulèvent quelques doutes sur le niveau de classification au niveau des genres. La validité des espèces désignées comme Cyprinus, Tor and Cyclocheilichthys pose question. Cette étude nécessite l'échantillonnage d'autres taxons et l'étude d'autres gènes afin de consolider notre compréhension des relations entre les différents Cyprinidae et leur classification.